As Assembleias de Deus estão organizadas em forma de árvore, onde cada Ministério é constituído pela Igreja-Sede com suas respectivas igrejas filiadas, congregações e pontos de pregação.

As igrejas Assembleias de Deus atuam em cada lugar sem estarem ligadas administrativamente à uma instituição nacional. A ligação nacional entre as igrejas é feita através dos seus pastores que são filiados a convenções estaduais que, por sua vez, se vinculam a uma Convenção de caráter nacional. Em cada Estado os pastores estão ligados a convenções regionais e a ministérios. Essas convenções, em geral, credenciam evangelistas e pastores, cuidam de assuntos da liderança e de direção das igrejas. Essas convenções operam um tipo de liderança regional entre a igreja local e a Convenção Geral. No caso do estado do Rio Grande do Sul, apenas os pastores e as igrejas são membros da Convenção Estadual, a CIEPADERGS - Convenção de Igrejas Evangélicas e Pastores da Assembleia de Deus no Rio Grande do Sul.

A Convenção Geral das Assembleias de Deus no Brasil (CGADB) é dirigida por uma Mesa Diretora, eleita a cada dois anos numa Assembleia Geral. Atualmente está sob a liderança do Pr. José Wellington Costa Júnior. Para várias áreas de atividades das Assembleias de Deus a CGADB tem um conselho ou uma comissão. Desta forma, existem o Conselho Administrativo da Casa Publicadora (CPAD), o Conselho de Educação e Cultura Religiosa, o Conselho de Doutrinas, o Conselho Fiscal, o Conselho de Missões, a Secretaria Nacional de Missões (SENAMI), a Escola de Missões das Assembleias de Deus (EMAD) e a Faculdade Evangélica de Tecnologia, Ciências e Biotecnologia da CGADB (FAECAD). A CGADB possui sede no Rio de Janeiro e pode ser considerada o tronco da denominação por ser a entidade que desde o princípio deu corpo organizacional à Igreja, e a quem pertence a patente do nome no país.